Un año después de la muerte de Phil Coulson, S.H.I.E.L.D. resurge de las cenizas. Mientras Mack, Melinda May, Elena Rodríguez y el resto de los agentes en la Tierra investigan la aparición de agentes hostiles a través de portales dimensionales siendo dirigidos por su líder llamado Sarge. Por otra parte Daisy Johnson, Jemma Simmons, Piper y Davis atraviesan el espacio profundo en busca de Leo Fitz, quien se encontraba en una cámara criogénica a bordo de una nave espacial, acompañado por el extraterrestre chronicom Enoch.
En esta temporada estará Clark Gregg (Phil Coulson), Ming-Na Wen (Melinda May), Chloe Bennet (Daisy ‘Skye’ Johnson), Iain De Caestecker (Leo Fitz), Elizabeth Henstridge (Jemma Simmons) y Henry Simmons (Alphonso ‘Mack’ Mackenzie).